bioselБиотехнология и селекция растенийPlant Biotechnology and Breeding2658-62662658-6258VIR10.30901/2658-6266-2025-3-o3biosel-280Research ArticleИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ РАСТЕНИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИSTUDY OF PLANT GENETIC RESOURCES USING MOLECULAR GENETICS METHODSCAPS-маркеры для анализа полиморфизма пластидной ДНК у представителей подрода Prunophora (Neck. ex Spach) Focke рода Prunus L.CAPS markers for the analysis of plastid DNA polymorphism in representatives of the subgenus Prunophora (Neck. ex Spach) Focke of the genus Prunus L.https://orcid.org/0009-0006-0142-9433МакаовА. КMakaovA. K.

Адам Капланович Макаов, младший научный сотрудник, лаборатория молекулярной селекции и ДНК-паспортизации, отдел биотехнологии, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, 42, 44

myosodus@gmail.com 

Adam K. Makaov, Junior Researcher, Department of Biotechnology, Laboratory of Molecular Breeding and DNA Pasportization, VIR

42, 44, Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg, 190000 Russia

a.makaov@vir.nw.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1712-2018РадченкоО. Е.RadchenkoO. E.

Ольга Емельяновна Радченко, научный сотрудник, отдел генетических ресурсов плодовых культур, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, 42, 44

Olga E. Radchenko, Researcher, Department of Genetic Resources of Fruit Crops, VIR

42, 44 Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg 190000 Russia

o.radchenko@vir.nw.ruhttps://orcid.org/0009-0003-0221-4088КриворучкоК. Р.KrivoruchkoK. R.

Ксения Романовна Криворучко, магистрант, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, 42, 44, 

Ksenia R. Krivoruchko, Master's Student, VIR

42, 44, Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg, 190000 Russia

https://orcid.org/0000-0001-8334-8069АнтоноваО. Ю.AntonovaO. Yu.

Ольга Юрьевна Антонова, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующий, лаборатория молекулярной селекции и ДНК-паспортизации, отдел биотехнологии, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, 42, 44

Olga Yu. Antonova, Cand. Sci. (Biology), Leading Researcher, Head, Laboratory of Molecular Breeding and DNA Pasportization, VIR

42, 44, Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg, 190000 Russia

olgaant326@mail.ruФедеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. ВавиловаРоссияN.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic ResourcesRussian FederationФедеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. ВавиловаРоссияN.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic ResourcesRussian Federation202530122025833242Copyright © Макаов А.К., Радченко О.Е., Криворучко К.Р., Антонова О.Ю., 20252025Макаов А.К., Радченко О.Е., Криворучко К.Р., Антонова О.Ю.Makaov A.K., Radchenko O.E., Krivoruchko K.R., Antonova O.Y.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://biosel.elpub.ru/jour/article/view/280

Актуальность. Слива домашняя Prunus domestica L., алыча Prunus cerasifera Ehrh. и терн Prunus spinosa L. относятся к секции Prunus подрода Prunophora (Neck. ex Spach) Focke рода Prunus L. Считается, что вид P. domestica произошел за счет гибридизации алычи и терна, однако из-за фенотипической разнородности сливы домашней, наличия широкого спектра вариаций и переходных форм, а также сложного гексаплоидного генома вопрос его происхождения до сих пор остается предметом споров. Для углубленного изучения филогенетических взаимоотношений в настоящее время широко применяют анализ полиморфизма пластидного генома с использованием технологий молекулярного маркирования и ДНК-штрихкодирования. В данном исследовании мы поставили себе целью разработать набор CAPS-маркеров для быстрого анализа полиморфизма последовательностей пластидной ДНК у представителей секции Prunus. Материалы и методы: На основе анализа последовательности хлДНК Prunus cerasifera var. pissardii (Carrière) L.H. Bailey была разработана 21 пара пластидоспецифичных праймеров. Также были задействованы праймеры, использовавшиеся раннее для анализа хлДНК у других видов семейства Розовые, а именно у представителей рода Rubus L. Для апробации праймеров и подбора рестриктаз использовали выборку, состоящую из семи образцов P. cerasifera, четырех сортов P. domestica, четырех образцов терна P. spinosa и одного сорта гибридного вида Prunus×rossica Eremin. Результаты: Нами разработано 10 потенциальных CAPS-маркеров (комбинаций праймер/рестриктаза), дающих наиболее наглядную картину полиморфизма сайтов пластидной ДНК у образцов сливы домашней, алычи и терна. Для подтверждения диагностической ценности отобранных CAPS-маркеров проведен анализ экспериментальной выборки образцов косточковых культур из коллекции ВИР, в которую входили 19 сортов P. domestica, 16 образцов P. spinosa, семь сортов P. cerasifera и один гибрид с участием сливы китайской Prunus salicina Lindl. У использованных в работе CAPS-маркеров выявлен разный уровень детектируемого полиморфизма, большая часть маркеров давала от трех до пяти вариантов рестрикционных профилей, наиболее полиморфным оказался район petN/psbM (маркер RubPlast9/TaqI) – девять спектров рестрикционных фрагментов. Сочетания различных рестрикционных профилей одного образца расценивали как гаплотип его хлДНК, всего в относительно небольшой выборке в 43 образца было выявлено 20 гаплотипов. Заключение. Таким образом, разработанные нами CAPS-маркеры позволяют эффективно анализировать полиморфизм пластомов косточковых культур. В дальнейшем эти маркеры будут использованы для изучения расширенных выборок образцов сливы домашней, алычи и терна и исследования взаимосвязей между данными видами.

Relevance. Common plum Prunus domestica L., cherry plum Prunus cerasifera Ehrh. and blackthorn Prunus spinosa L. belong to the section Prunus of the subgenus Prunophora (Neck. ex Spach) Focke of the genus Prunus L. It is believed that the species P. domestica originated from hybridization of cherry plum and blackthorn, however, due to the phenotypic heterogeneity of the European plum, the presence of a wide range of variations and transitional forms, as well as a complex hexaploid genome, the question of its origin is still a matter of debate. For in-depth study of phylogenetic relationships, the analysis of polymorphism of plastid genome sites using molecular marking and DNA barcoding technologies is currently widely used. In this study, we aimed to develop a set of CAPS markers for rapid analysis of plastid DNA polymorphism in representatives of the Prunus section. Materials and methods. Based on the analysis of the cpDNA sequence of Prunus cerasifera var. pissardii (Carrière) L.H. Bailey, 21 pairs of plastid-specific primers have been developed. The primers previously applied to cpDNA analysis in other species of the Rosaceae family, namely in representatives of the genus Rubus L., were also used. To test the primers and select restriction enzymes, a subset consisting of seven accessions of P. cerasifera, four cultivars of P. domestica, four accessions of blackthorn P. spinosa and one cultivar of the hybrid species Prunus×rossica Eremin was used. Results. We have developed 10 potential CAPS markers (primer/restriction enzyme combinations) that provide the most visual picture of plastid DNA polymorphism in accessions of European plum, cherry plum and blackthorn. To confirm the diagnostic value of the selected CAPS markers, an analysis was performed on an experimental subset of stone fruit crops from the VIR collection, which included 19 cultivars of P. domestica, 16 accessions of P. spinosa, seven cultivars of P. cerasifera and one hybrid involving Chinese plum Prunus salicina Lindl. The CAPS markers used in the work showed different levels of detectable polymorphism, most of the markers identified from three to five variants of restriction profiles, the most polymorphic was the petN/psbM region (RubPlast9/TaqI marker) with nine different spectra of restriction fragments. Combinations of different restriction profiles for each accession were assessed as a haplotype of cpDNA; in total, 20 haplotypes were identified in a relatively small subset of 43 accessions. Conclusion. The developed CAPS markers allow us to effectively analyze the polymorphism of stone fruit plastomes in the future. They will be used to study broader experimental sets of accessions of European plum, cherry plum, and blackthorn and to investigate the relationships between these species.

Prunus sp.слива домашняятерналычапластидная ДНКCAPS-маркерыгаплотипыPrunus sp.common plumblackthorncherry plumplastid DNACAPS markershaplotypesРабота выполнена в рамках Государственного задания согласно тематическому плану ВИР по теме № 1021032424343-9-4.4.4 FGEM-2022-0008.The research was carried out according to the State Assignment to VIR, Topic No. 1021032424343-9-4.4.4 FGEM-2022-0008ReferencesАнтонова О.Ю., Клименко Н.С., Рыбаков Д.А., Фомина Н.А., Желтова В.В., Новикова Л.Ю., Гавриленко Т.А. SSR-анализ современных российских сортов картофеля с использованием ДНК номенклатурных стандартов. Биотехнология и селекция растений. 2020;3(4):77-96. DOI: 10.30901/2658-6266-2020-4-o2Antonova O.Yu., Klimenko N.S., Rybakov D.А., Fomina N.А., Zheltova V.V., Novikova L.Yu., Gavrilenko T.А. SSR analysis of modern Russian potato varieties using DNA samples of nomenclatural standards. Plant Biotechnology and Breeding. 2020;3(4):77-96. [in Russian]. DOI: 10.30901/2658-6266-2020-4-o2Badenes M.L., Parfitt D.E. Phylogenetic relationships of cultivated Prunus species from an analysis of chloroplast DNA variation. Theoretical and Applied Genetics. 1995;90:1035-1041. DOI: 10.1007/BF00222918Badenes M.L., Parfitt D.E. Phylogenetic relationships of cultivated Prunus species from an analysis of chloroplast DNA variation. Theoretical and Applied Genetics. 1995;90:1035-1041. DOI: 10.1007/BF00222918Bortiri E., Oh S.-H., Jiang J., Baggett S., Granger A., Weeks C., Buckingham M., Potter D., Parfitt D.E. Phylogeny and systematics of Prunus (Rosaceae) as determined by sequence analysis of ITS and the chloroplast trnL‐trnF spacer DNA. Systematic Botany. 2001;26(4):797-807. DOI: 10.1043/0363-6445-26.4.797Bortiri E., Oh S.-H., Jiang J., Baggett S., Granger A., Weeks C., Buckingham M., Potter D., Parfitt D.E. Phylogeny and systematics of Prunus (Rosaceae) as determined by sequence analysis of ITS and the chloroplast trnL‐trnF spacer DNA. Systematic Botany. 2001;26(4):797-807. DOI: 10.1043/0363-6445-26.4.797Bortiri E., Vanden Heuvel B., Potter D. Phylogenetic analysis of morphology in Prunus reveals extensive homoplasy. Plant Systematics and Evolution. 2006;259:53-71. DOI: 10.1007/s00606-006-0427-8Bortiri E., Vanden Heuvel B., Potter D. Phylogenetic analysis of morphology in Prunus reveals extensive homoplasy. Plant Systematics and Evolution. 2006;259:53-71. DOI: 10.1007/s00606-006-0427-8CBOL – The Consortium for the Barcode of Life. Plant Working Group. A DNA barcode for land plants. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). 2009;106(31):12794-12797. DOI: 10.1073pnas.0905845106CBOL – The Consortium for the Barcode of Life. Plant Working Group. A DNA barcode for land plants. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). 2009;106(31):12794-12797. DOI: 10.1073pnas.0905845106Crane M., Lawrence W. Genetics of Garden Plants. London, UK: MacMillan; 1934.Crane M., Lawrence W. Genetics of Garden Plants. London, UK: MacMillan; 1934.Crane M., Lawrence W. The genetics of garden plants. 4th ed. London, UK: Macmillan; 1952.Crane M., Lawrence W. The genetics of garden plants. 4th ed. London, UK: Macmillan; 1952.Decroocq V., Favé M.G., Hagen L., Bordenave L., Decroocq S. Development and transferability of apricot and grape EST microsatellite markers across taxa. Theoretical and Applied Genetics. 2003;106:912-922. DOI: 10.1007/s00122-002-1158-zDecroocq V., Favé M.G., Hagen L., Bordenave L., Decroocq S. Development and transferability of apricot and grape EST microsatellite markers across taxa. Theoretical and Applied Genetics. 2003;106:912-922. DOI: 10.1007/s00122-002-1158-zDemesure B., Sodzi N., Petit R. A set of universal primers for amplification of polymorphic non-coding regions of mitochondrial and chloroplast DNA in plants. Molecular ecology. 1995;4:129-132. DOI: 10.1111/j.1365-294X.1995.tb00201.xDemesure B., Sodzi N., Petit R. A set of universal primers for amplification of polymorphic non-coding regions of mitochondrial and chloroplast DNA in plants. Molecular ecology. 1995;4:129-132. DOI: 10.1111/j.1365-294X.1995.tb00201.xDumolin-Lapegue S., Pemonge M.H., Petit R.J. An enlarged set of consensus primers for the study of organelle DNA in plants. Molecular ecology. 1997;6:393-397. DOI: 10.1046/j.1365-294X.1997.00193.xDumolin-Lapegue S., Pemonge M.H., Petit R.J. An enlarged set of consensus primers for the study of organelle DNA in plants. Molecular ecology. 1997;6:393-397. DOI: 10.1046/j.1365-294X.1997.00193.xEryomine G.V. New data on origin of Prunus domestica L. Acta Horticulturae. 1990;283-2:27-30. DOI: 10.17660/ActaHortic.1990.283.2Eryomine G.V. New data on origin of Prunus domestica L. Acta Horticulturae. 1990;283-2:27-30. DOI: 10.17660/ActaHortic.1990.283.2Еремин Г.В. Систематика косточковых плодовых растений. В кн.: Еремин Г.В. (ред.), Помология. Т. 3. Косточковые культуры. Орел: ГНУ ВНИИСПК; 2008. С.15-20.Eremin G.V. Systematics of stone fruit plants (Sistematika kostochkovykh plodovykh rasteniy). In: Eremin G.V. (ed.) Pomology. Vol. 3. Stone fruit crops (Pomologiya. T. 3. Kostochkovye kultury). Orel: GNU VNIISPK; 2008. p.15-20. [in Russian]FAO. The Food and Agriculture Organization of the United Nations. Available at: https://www.fao.org/faostat/ru/#data/QCL [accessed May 25, 2025]FAO. The Food and Agriculture Organization of the United Nations. Available at: https://www.fao.org/faostat/ru/#data/QCL [accessed May 25, 2025]GenBank. National Institutes of Health (NIH, USA) genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences. GenBank No. #MN418903. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbankGenBank. National Institutes of Health (NIH, USA) genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences. GenBank No. #MN418903. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbankHalász J., Szendy G., Ivanovska B., Tóth E.G., Hegedűs A. The self-incompatibility locus and chloroplast DNA regions of Prunus domestica reflect the origin and genetic diversity of traditional cultivars. Journal of the American Society for Horticultural Science. 2023;148(5):230-239. DOI: 10.21273/JASHS05330-23Halász J., Szendy G., Ivanovska B., Tóth E.G., Hegedűs A. The self-incompatibility locus and chloroplast DNA regions of Prunus domestica reflect the origin and genetic diversity of traditional cultivars. Journal of the American Society for Horticultural Science. 2023;148(5):230-239. DOI: 10.21273/JASHS05330-23Hedrick U.P. The Plums of New York. Albany: J.B. Lyon Co., State Printers; 1911.Hedrick U.P. The Plums of New York. Albany: J.B. Lyon Co., State Printers; 1911.Horvath A., Balsemin E., Barbot J.C., Christmann H., Manzano G., Reynet P., Laigret F., Mariette S. Phenotypic variability and genetic structure in plum (Prunus domestica L.), cherry plum (P. cerasifera Ehrh.) and sloe (P. spinosa L.). Scientia Horticulturae. 2011;129:283-293.Horvath A., Balsemin E., Barbot J.C., Christmann H., Manzano G., Reynet P., Laigret F., Mariette S. Phenotypic variability and genetic structure in plum (Prunus domestica L.), cherry plum (P. cerasifera Ehrh.) and sloe (P. spinosa L.). Scientia Horticulturae. 2011;129:283-293.IDT. Integrated DNA Technologies. OligoAnalyzer™ Tool. Available at: https://eu.idtdna.com/calc/analyzer [accessed Jun. 12, 2025].IDT. Integrated DNA Technologies. OligoAnalyzer™ Tool. Available at: https://eu.idtdna.com/calc/analyzer [accessed Jun. 12, 2025].Illa E., Sargent D.J., Girona E.L., Bushakra J., Cestaro A., Crowhurst R., Pindo M., Cabrera A., Van der Knapp E., Iezzoni A., Gardiner S., Velasco R., Arus P., Chagné D., Troggio M. Comparative analysis of rosaceous genomes and the reconstruction of a putative ancestral genome for the family. BMC Evolutionary Biology. 2011;11(9):1-13. DOI: 10.1186/1471-2148-11-9Illa E., Sargent D.J., Girona E.L., Bushakra J., Cestaro A., Crowhurst R., Pindo M., Cabrera A., Van der Knapp E., Iezzoni A., Gardiner S., Velasco R., Arus P., Chagné D., Troggio M. Comparative analysis of rosaceous genomes and the reconstruction of a putative ancestral genome for the family. BMC Evolutionary Biology. 2011;11(9):1-13. DOI: 10.1186/1471-2148-11-9Inglis P.W., Pappas M.C.R., Resende L.V., Grattapagila D. Fast and inexpensive protocols for consistent extraction of high quality DNA and RNA from challenging plant and fungal samples for high throughput SNP genotyping and sequencing applications. PLoS ONE. 2018;13(10):1-14. DOI: 10.17504/protocols.io.tzfep3nInglis P.W., Pappas M.C.R., Resende L.V., Grattapagila D. Fast and inexpensive protocols for consistent extraction of high quality DNA and RNA from challenging plant and fungal samples for high throughput SNP genotyping and sequencing applications. PLoS ONE. 2018;13(10):1-14. DOI: 10.17504/protocols.io.tzfep3nКамнев А.М., Антонова О.Ю., Чухина И.Г. Разработка CAPS-маркеров для изучения полиморфизма пластидных локусов представителей подрода Idaeobathus Focke рода Rubus L. Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии. 2023;22(2):116-121. DOI: 10.14258/pbssm.2023110Kamnev A.M., Antonova O.Y., Chukhina I.G. Development of CAPS-markers for studying plastid loci polymorphism in Rubus L. subgenus Idaeobathus Focke. Problems of botany of South Siberia and Mongolia. 2023;22(2):116-121. [in Russian]. DOI: 10.14258/pbssm.2023110Komarov V.L. Rosaceae: Rosoideae, Amygdaloideae. In: Flora of the USSR. Vol.10. Washington D.C., USA: Smithsonian Institution; 1971. p.1-512.Komarov V.L. Rosaceae: Rosoideae, Amygdaloideae. In: Flora of the USSR. Vol.10. Washington D.C., USA: Smithsonian Institution; 1971. p.1-512.Матвеева Т.В., Павлова О.А., Богомаз Д.И., Демкович А.Е., Лутова Л.А. Молекулярные маркеры для видоидентификации и филогенетики растений. Экологическая генетика. 2011;9(1):32-43. DOI: 10.17816/ecogen9132-43Matveeva T.V., Pavlova O.A., Bogomaz D.I. Demkovich A.E., Lutova L.A. Molecular markers for plant species identification and phylogenetics. Ecological Genetics. 2011;9(1):32-43. [in Russian]. DOI: 10.17816/ecogen9132-43Mohanty A., Martín J.P., Aguinagalde I. Chloroplast DNA diversity within and among populations of the allotetraploid Prunus spinosa L. Theoretical and Applied Genetics. 2000;100(8):1304-1310. DOI: 10.1007/s001220051439Mohanty A., Martín J.P., Aguinagalde I. Chloroplast DNA diversity within and among populations of the allotetraploid Prunus spinosa L. Theoretical and Applied Genetics. 2000;100(8):1304-1310. DOI: 10.1007/s001220051439Mohanty A., Martín J.P., Aguinagalde I. Population genetic analysis of European Prunus spinosa (Rosaceae) using chloroplast DNA markers. American journal of botany. 2002;89(8):1223-1228. DOI: 10.3732/ajb.89.8.1223Mohanty A., Martín J.P., Aguinagalde I. Population genetic analysis of European Prunus spinosa (Rosaceae) using chloroplast DNA markers. American journal of botany. 2002;89(8):1223-1228. DOI: 10.3732/ajb.89.8.1223Mohanty A., Martín J.P., González L.M., Aguinagalde I. Association between chloroplast DNA and mitochondrial DNA haplotypes in Prunus spinosa L. (Rosaceae) populations across Europe. Annals of Botany. 2003;92(6):749-55. DOI: 10.1093/aob/mcg198Mohanty A., Martín J.P., González L.M., Aguinagalde I. Association between chloroplast DNA and mitochondrial DNA haplotypes in Prunus spinosa L. (Rosaceae) populations across Europe. Annals of Botany. 2003;92(6):749-55. DOI: 10.1093/aob/mcg198Mowrey B.D., Werner D.J. Phylogenetic relationships among species of Prunus as inferred by isozymes markers. Theoretical and Applied Genetics. 1990;80:129-133. DOI: 10.1007/BF00224026Mowrey B.D., Werner D.J. Phylogenetic relationships among species of Prunus as inferred by isozymes markers. Theoretical and Applied Genetics. 1990;80:129-133. DOI: 10.1007/BF00224026Murawski H.B. Die beteutung der poliploidie für die evolution der pflaume. Berlin: Tagungen. Dtsch. Akad. Landwirtschafte Wiss; 1970. [In German]Murawski H.B. Die beteutung der poliploidie für die evolution der pflaume. Berlin: Tagungen. Dtsch. Akad. Landwirtschafte Wiss; 1970. [In German]Nas M.N., Bolek Y., Bardak A. Genetic diversity and phylogenetic relationships of Prunus microcarpa C.A. Mey. subsp. tortusa analyzed by simple sequence repeats (SSRs). Scientia Horticulturae. 2011;127(3):220-227. DOI: 10.1016/j.scienta.2010.09.018Nas M.N., Bolek Y., Bardak A. Genetic diversity and phylogenetic relationships of Prunus microcarpa C.A. Mey. subsp. tortusa analyzed by simple sequence repeats (SSRs). Scientia Horticulturae. 2011;127(3):220-227. DOI: 10.1016/j.scienta.2010.09.018Potter D., Eriksson T., Evans R.C., Oh S., Smedmark J.E.E., Morgan D.R., Kerr M., Robertson K. R., Arsenault M., Dickinson T.A., Campbell C.S. Phylogeny and classification of Rosaceae. Plant Systematics and Evolution. 2007;266:5-43. DOI: 10.1007/s00606-007-0539-9Potter D., Eriksson T., Evans R.C., Oh S., Smedmark J.E.E., Morgan D.R., Kerr M., Robertson K. R., Arsenault M., Dickinson T.A., Campbell C.S. Phylogeny and classification of Rosaceae. Plant Systematics and Evolution. 2007;266:5-43. DOI: 10.1007/s00606-007-0539-9Rybin W.A. Spontane und experimentell erzeugte bastarde zwischen schwarzdorn und kirschpflaume und das abstammungsproblem der kulturpflaume. Planta. 1936;25:22-58. [in German] DOI: 10.1007/BF01909303Rybin W.A. Spontane und experimentell erzeugte bastarde zwischen schwarzdorn und kirschpflaume und das abstammungsproblem der kulturpflaume. Planta. 1936;25:22-58. [in German] DOI: 10.1007/BF01909303Reales A., Sargent D.J., Tobutt K.R., Rivera D. Phylogenetics of Eurasian plums, Prunus L. section Prunus (Rosaceae), according to coding and non-coding chloroplast DNA sequences. Tree Genetics & Genomes. 2010;6(1):37-45. DOI: 10.1007/s11295-009-0226-9Reales A., Sargent D.J., Tobutt K.R., Rivera D. Phylogenetics of Eurasian plums, Prunus L. section Prunus (Rosaceae), according to coding and non-coding chloroplast DNA sequences. Tree Genetics & Genomes. 2010;6(1):37-45. DOI: 10.1007/s11295-009-0226-9Rehder A. A manual of cultivated trees and shrubs hardy in North America, 2nd edn. New York: Macmillan; 1940.Rehder A. A manual of cultivated trees and shrubs hardy in North America, 2nd edn. New York: Macmillan; 1940.Reynders-Aloisi S., Grellet E. Characterization of the ribosomal DNA units in two related Prunus species (P. cerasifera and P. spinosa). Plant Cell Reports. 1994;13:641-646. DOI: 10.1007/BF00232937Reynders-Aloisi S., Grellet E. Characterization of the ribosomal DNA units in two related Prunus species (P. cerasifera and P. spinosa). Plant Cell Reports. 1994;13:641-646. DOI: 10.1007/BF00232937Shaw J., Lickey E.B., Schilling E.E., Small R.L. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III. American Journal of Botany. 2007;94:275-288. DOI: 10.3732/ajb.94.3.275Shaw J., Lickey E.B., Schilling E.E., Small R.L. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III. American Journal of Botany. 2007;94:275-288. DOI: 10.3732/ajb.94.3.275Sayed H.A., Mostafa S., Haggag I.M., Hassan N.A. DNA barcoding of Prunus species collection conserved in the National Gene Bank of Egypt. Molecular Biotechnology. 2023;65(3):410-418. DOI: 10.1007/s12033-022-00530-zSayed H.A., Mostafa S., Haggag I.M., Hassan N.A. DNA barcoding of Prunus species collection conserved in the National Gene Bank of Egypt. Molecular Biotechnology. 2023;65(3):410-418. DOI: 10.1007/s12033-022-00530-zStothard P. The Sequence Manipulation Suite: JavaScript programs for analyzing and formatting protein and DNA sequences. Biotechniques. 2000;28:1102-1104. Version 2. Available from: https://www.bioinformatics.org/sms2/ [accessed Jun. 25, 2025].Stothard P. The Sequence Manipulation Suite: JavaScript programs for analyzing and formatting protein and DNA sequences. Biotechniques. 2000;28:1102-1104. Version 2. Available from: https://www.bioinformatics.org/sms2/ [accessed Jun. 25, 2025].Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant molecular biology. 1991;17(5):1105-9. DOI: 10.1007/BF00037152Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant molecular biology. 1991;17(5):1105-9. DOI: 10.1007/BF00037152Ternjak T., Barreneche T., Šiško M., Ivančič A., Šušek A., Quero-García J. Genetic diversity and structure of Slovenian native germplasm of plum species (P. domestica L., P. cerasifera Ehrh. and P. spinosa L.). Frontiers of plant science. 2023;14:1150459. DOI: 10.3389/fpls.2023.1150459Ternjak T., Barreneche T., Šiško M., Ivančič A., Šušek A., Quero-García J. Genetic diversity and structure of Slovenian native germplasm of plum species (P. domestica L., P. cerasifera Ehrh. and P. spinosa L.). Frontiers of plant science. 2023;14:1150459. DOI: 10.3389/fpls.2023.1150459Untergasser A. Primer3-org/ primer3plus. GitHub, Inc. Supported by EMBL Heidelberg. Available at: https://www.primer3plus.com [accessed Jun. 15, 2025].Untergasser A. Primer3-org/ primer3plus. GitHub, Inc. Supported by EMBL Heidelberg. Available at: https://www.primer3plus.com [accessed Jun. 15, 2025].Витковский В.Л. Плодовые растения мира. Санкт-Петербург; Москва; Краснодар: Лань; 2003.Vitkovsky V.L. Fruit plants of the world (Plodoviye rasteniya mira). St. Petersburg; Moscow; Krasnodar: Lan; 2003. [in Russian]Watkins R. Cherry, plum, peach, apricot and almond. In: N.W. Simmonds (ed.). Evolution of crop plants. London, UK: Longman; 1976. p.242-247.Watkins R. Cherry, plum, peach, apricot and almond. In: N.W. Simmonds (ed.). Evolution of crop plants. London, UK: Longman; 1976. p.242-247.Wolfe A.D., Randle C.P. Recombination, heteroplasmy, haplotype polymorphism, and paralogy in plastid genes: implications for plant molecular systematics. Systematic Botany. 2004;29(4):1011-1020. DOI: 10.1600/0363644042451008Wolfe A.D., Randle C.P. Recombination, heteroplasmy, haplotype polymorphism, and paralogy in plastid genes: implications for plant molecular systematics. Systematic Botany. 2004;29(4):1011-1020. DOI: 10.1600/0363644042451008Zhebentyayeva T., Shankar V., Scorza R., Callahan A., Ravelonandro M., Castro S., DeJong T., Saski C.A., Dardick C. Genetic characterization of worldwide Prunus domestica (plum) germplasm using sequence-based genotyping. Horticulture Research. 2019;6:12. DOI: 10.1038/s41438-018-0090-6Zhebentyayeva T., Shankar V., Scorza R., Callahan A., Ravelonandro M., Castro S., DeJong T., Saski C.A., Dardick C. Genetic characterization of worldwide Prunus domestica (plum) germplasm using sequence-based genotyping. Horticulture Research. 2019;6:12. DOI: 10.1038/s41438-018-0090-6Жуковский П.М. Культурные растения и их сородичи: систематика. география, цитогенетика, иммунитет, экология, происхождение, использование. Ленинград: Колос; 1971.Zhukovsky P.M. Cultivated plants and their relatives: systematics, geography, cytogenetics, immunity, ecology, origin, and utilization (Kul’turnyie rasteniya i ikh sorodichi). Leningrad: Kolos; 1971. [in Russian]Zohary D., Hopf M. Domestication of plants in the old world. Oxford, UK: Oxford University Press; 2000.Zohary D., Hopf M. Domestication of plants in the old world. Oxford, UK: Oxford University Press; 2000.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.