Биоинформатика прирастает Сибирью: к юбилею академика РАН Николая Александровича Колчанова

9 января 2022 г. исполнилось 75 лет академику РАН, доктору биологических наук, научному руководителю Федерального исследовательского центра Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, первому вице-президенту Вавиловского общества генетиков и селекционеров профессору Николаю Александровичу Колчанову. Академик Н.А. Колчанов – выдающийся специалист в области биоинформатики и системной компьютерной биологии, под руководством которого сформировалась и получила общемировое развитие крупнейшая в этом направлении отечественная научная школа. Он является автором и соавтором около 700 публикаций в отечественной и зарубежной печати, 18 авторских свидетельств и 8 патентов. В течение почти 20 лет академик Н.А. Колчанов является заведующим и профессором кафедры информационной биологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета. Он подготовил 12 кандидатов наук и 2 докторов наук. Его ученики, работающие в ведущих отечественных и зарубежных научных центрах, являются гордостью российской науки и вносят весомый вклад в мировой уровень развития современной биоинформатики.

1. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Nucleic Acids Research. 2002;30(1):398-401. DOI: 10.1093/nar/30.1.398

2. Bragina E.Yu., Tiys E.S., Freidin M.B., Koneva L.A., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A., Puzyrev V.P. Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis. Immunogenetics. 2014;66(7-8):457-465. DOI: 10.1007/s00251-014-0786-1

3. Кафедра информационной биологии, Новосибирский Государственный Университет: [сайт]. URL: https://kib.nsu.ru/ [дата обращения: 28.11.2021].

4. Heinemeyer T., Wingender E., Reuter I., Hermjakob H., Kel A.E., Kel O.V., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Databases on transcriptional regulation: TRANSFAC, TRRD and COMPEL. Nucleic Acids Research. 1998;26(1):362-367. DOI: 10.1093/nar/26.1.362

5. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites. Nucleic Acids Research. 2005;33 Suppl 1:D183-D187. DOI: 10.1093/nar/gki105

6. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSiteScan: a program for searching for active, binding and posttranslational modification sites in the 3D structures of proteins. Nucleic Acids Research. 2004;32 Suppl 2:W549-W554. DOI: 10.1093/nar/gkh439

7. Kel-Margoulis O.V., Romashchenko A.G., Kolchanov N.A., Wingender E., Kel A.E. COMPEL: a database on composite regulatory elements providing combinatorial transcriptional regulation. Nucleic Acids Research. 2000;28(1):311-315. DOI: 10.1093/nar/28.1.311

8. Kolchanov N.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Goryachkovskaya T.N., Busygina T.V., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 1999. Nucleic Acids Research. 1999;27(1):303-306. DOI: 10.1093/nar/27.1.303

9. Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnyakov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002. Nucleic Acids Research. 2002;30(1):312-317. DOI: 10.1093/nar/30.1.312

10. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Y.G. GeneNet database: description and modeling of gene networks. Silico Biology. 2002a;2(2):97-110.

11. KolchanovN.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Goryachkovskaya T.N., Busygina T.V., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Korostishevskaya I.M., Romashchenko A.G., Overton G.C. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2000. Nucleic Acids Research. 2000;28(1):298-301. DOI: 10.1093/nar/28.1.298

12. Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a gene network database and its automated visualization. Bioinformatics. 1998;14(6):529-537. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.6.529

13. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Novoselova E.S., Doroshkov A.V., Kazantsev F.V., Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance. Annals of Botany. 2012;110(2):349-360. DOI: 10.1093/aob/mcs069

14. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root. BMC Systems Biology. 2010;4 Suppl 1:98. DOI: 10.1186/1752-0509-4-98

15. Omelyanchuk N.A., Wiebe D.S., Novikova D.D., Levitsky V.G., Klimova N., Gorelova V., Weinholdt C., Vasiliev G.V., Zemlyanskaya E.V., Kolchanov N.A., Kochetov A.V., Grosse I., Mironova V.V. Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots. Scientific Reports. 2017;7(1):2489. DOI: 10.1038/s41598-017-02476-8

16. Podkolodnaya O.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Konovalova O.S., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Application of the ANDCell computer system to reconstruction and analysis of associative networks describing potential relationships between myopia and glaucoma. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2011;1(1):21-28. DOI: 10.1134/S2079059711010059

17. Rogozin I.B., Kolchanov N.A. Somatic hypermutagenesis in immunoglobulin genes: II. Influence of neighbouring base sequences on mutagenesis. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Gene Structure and Expression. 1992;1171(1):11-18. DOI: 10.1016/0167-4781(92)90134-L

18. Российская академия наук: [официальный портал]. URL: http://www.ras.ru [дата обращения: 29.11.2021].

19. Shindyalov I.N., Kolchanov N.A., Sander C. Can three-dimensional contacts in protein structures be predicted by analysis of correlated mutations?. Protein Engineering, Design and Selection. 1994;7(3):349-358. DOI: 10.1093/protein/7.3.349

20. Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук» (ИЦиГ СО РАН): [сайт]. URL: http://www.bionet.nsc.ru [дата обращения: 28.11.2021].

21. Wingender E., Kel A.E., Kel O.V., Karas H., Heinemeyer T., Dietze P., Knüppel R., Romaschenko A.G., Kolchanov N.A. TRANSFAC, TRRD and COMPEL: towards a federated database system on transcriptional regulation. Nucleic Acids Research. 1997;25(1):265-268. DOI: 10.1093/nar/25.1.265